【2025年版】スタートアップが使える補助金一覧｜助成金との違いも解説

スタートアップとして事業を立ち上げたばかりの時期は、資金調達に頭を悩ませる方も多いのではないでしょうか。実は、創業初期の資金負担を軽減し、事業成長を後押ししてくれる「補助金制度」が数多く存在します。

特に2025年は、政府や自治体によるスタートアップ支援が強化されており、タイミングを逃さず申請すれば、開発費や人件費、広報費まで支援を受けられるチャンスです。

本記事では、スタートアップに使える主要な補助金の特徴や申請手順、成功のコツを徹底解説。補助金をうまく活用し、資金面の不安を最小限に抑えながら、事業を軌道に乗せるためのヒントをお届けします。

スタートアップは補助金を活用できる？まず押さえるべき前提知識

スタートアップにとって、立ち上げ初期は資金面のハードルが大きく立ちはだかります。開発、広報、採用、事務所賃料まで多岐にわたる初期コストに対応するには、民間の資金調達だけでは不十分な場面もあります。こうした状況で力を発揮するのが、国や自治体が提供する補助金制度です。

特に2025年度は、経済産業省・中小企業庁を中心にスタートアップ支援予算が拡充されています。地方自治体でも「創業初期支援」「賃料補助」「ITツール導入補助」など、具体的で実用性の高い制度が増加しています。補助金は返済不要な資金であるため、資本を希薄化させずに成長フェーズへ進める選択肢として有効です。

スタートアップが補助金を活用するには、対象事業・申請タイミング・実行管理の流れを正しく理解し、戦略的に活用する視点が求められます。ここでは、基礎知識としてまず押さえるべき「補助金と助成金の違い」「補助金を使うべき理由」「得られるメリット」を解説します。

補助金と助成金の違いとは

補助金と助成金は混同されやすい用語ですが、制度の運用や申請条件に明確な違いがあります。

スタートアップにおいては、「新しい価値を生み出す事業」であれば補助金が適しており、「従業員の雇用創出」や「職場環境整備」が目的であれば助成金の活用が有効です。

本記事では、補助金に焦点をあてて解説を進めていきます。

スタートアップが補助金を活用すべき理由

スタートアップが補助金を活用する最大の理由は、返済不要の資金で資金調達リスクを抑えられる点にあります。創業直後は信用が構築されておらず、金融機関からの融資やベンチャーキャピタルからの出資も難航しがちです。

また、以下のような課題を抱えるケースが多く見られます。

・自己資金が限られ、開発や人材確保に投資しにくい
・製品・サービスを形にしたいが、時間とリソースが足りない
・広報・営業にかけられる予算が極端に少ない

補助金を活用することで、こうした課題を解決しながら、プロダクト開発やマーケティング、IT導入といった事業の核となる活動に集中できるようになります。

補助金の活用で得られる具体的なメリット

補助金は単なる資金援助ではなく、事業拡大に向けた成長戦略の加速装置とも言えます。

以下に、補助金を活用することで得られるメリットを整理します。

さらに、補助金に採択されたことで、ベンチャーキャピタルからの出資交渉が有利に進んだというスタートアップも多数あります。補助金は単なる金銭的メリットにとどまらず、事業価値の客観的評価にもつながるため、初期段階での取得は将来の成長戦略において非常に意味があります。

2025年に活用できるスタートアップ向け補助金一覧

スタートアップ支援を目的とした補助金制度は、2025年度も複数整備されています。政府主導の大型補助金に加えて、地方自治体による創業支援や賃料補助も充実しています。

以下では、2025年度にスタートアップが実際に活用可能な主な制度を、目的別に分けて整理します。

新事業進出補助金（正式名称：中小企業新事業進出補助金）

2025年度から本格スタートする「新事業進出補助金」は、これまでの「事業再構築補助金」を引き継ぐ形で導入された新制度です。

従来の再構築補助金では対象外となっていた一部のスタートアップも、新制度では対象に含まれる可能性が広がっています。

ITツールやデジタルマーケティングを活用した「新規事業の立ち上げ」にも使えるため、SaaS開発・Webサービス運用・サブスク型サービス構築などと相性が良い制度です。

事業再構築補助金（特定条件下で利用可能）

従来の「事業再構築補助金」も、2025年上半期までは一部残存枠が設けられています。ただし、基本的には既存事業の再構築や転換が前提のため、創業初期のスタートアップは「既存売上が一定割合減少している企業」である必要があります。

【活用が見込まれるケース】
・コロナ禍以前に創業済で、売上が30％以上減少した企業
・既存のサービスを撤退・縮小し、新事業へ移行する企業

新規創業で補助金活用を検討している場合は、「新事業進出補助金」や「創業支援等補助金」の方が現実的です。

創業支援等事業者補助金（地方自治体・商工会の制度）

多くの自治体や商工会議所が独自に実施しているのが「創業支援等事業者補助金」です。補助金額は中小企業向けより小規模ですが、審査ハードルが比較的低く、創業直後でも採択されやすいのが特徴です。

対象となる地域に拠点を構えていることが条件となる場合が多いため、所在地の自治体ホームページを確認しておくことが重要です。

福岡市・熊本県など自治体のスタートアップ支援

地域特化型の支援制度も見逃せません。特に福岡市と熊本県では、スタートアップ誘致や創業支援に力を入れており、賃料補助などの独自制度を展開しています。

福岡市（G-Startup賃料補助制度）

・スタートアップ向けコワーキング施設等の賃料を月額最大15万円補助
・最長1年間、最大180万円相当を支援
・対象：創業5年以内、福岡市内拠点あり

熊本県（令和7年度スタートアップ支援補助金）

・新規プロダクト開発やマーケティングに最大200万円補助
・対象：熊本県内で登記・事業活動を行う創業者
・上限100万円、補助率1/2、創業3年未満の中小企業・個人事業主が対象

地方移住やテック企業の誘致が進む中、こうした支援は「東京一極集中」を避けたいスタートアップにとって非常に魅力的です。

その他の注目制度：J-Startup・研究開発型スタートアップ支援など

2025年度に注目されているその他の支援制度も紹介します。

これらの制度は、一般的な補助金よりも高度な技術やスケーラビリティが求められる一方で、採択されれば事業展開スピードが飛躍的に上がる可能性を持っています。

スタートアップが補助金を申請する際の流れとポイント

補助金の申請は単に書類を提出するだけではありません。スタートアップの場合、特に「何をどう伝えるか」「どの制度を選ぶか」で結果が大きく変わります。

ここでは、補助金の申請を成功させるための基本的な流れと、事業者として意識すべき重要なポイントを解説します。

事業計画書の作り方と評価されるポイント

補助金申請における最重要書類が「事業計画書」です。審査員はこの計画書をもとに、補助対象としてふさわしいかどうかを判断します。単に計画を説明するのではなく、「社会的意義」や「成長性」「実現可能性」といった観点から、戦略的に内容を構成する必要があります。

評価されるポイントは以下の通りです。

また、専門用語や抽象的な表現は避け、専門外の審査員にも伝わる明快な文章でまとめることが重要です。

採択率を上げる加点項目と注意点

補助金には「加点項目」が用意されているケースが多く、これを活用することで採択率を大幅に高めることが可能です。

2025年度の補助金における代表的な加点要素は以下の通りです。

ただし、形式的な記述や「加点狙い」だけの内容は逆効果になることもあります。申請書全体に一貫性があり、事業計画の中に自然に組み込まれているかが重要です。また、補助金ごとに加点項目の比重が異なるため、制度ごとの公募要領を正確に読み込むことが前提となります。

採択後の流れと補助金の受け取りまでのステップ

無事に補助金が採択されても、それで終わりではありません。補助金は「後払い方式」が基本であり、実際の支出後に請求して受け取る流れとなります。

スケジュールと必要な手続きは以下の通りです。

交付決定通知の受領

事業の内容と予算が正式に認められるタイミング。これ以降に経費を使い始める必要があります。

事業の実施・進捗管理

定められた期間内に事業を完了させる必要があります。期間は3〜6か月が一般的です。

実績報告の提出

使用した経費や実施内容を証明する書類（請求書・納品書・振込控など）をそろえて報告します。

補助金の請求・着金

報告が認められると、初めて補助金の入金が行われます。申請から着金まで6〜10か月かかることもあります。

事後フォロー（義務報告）

一部の補助金では1〜3年の事後報告が義務付けられており、収支や進捗の追跡が求められる場合もあります。

このように、補助金は採択された後にも多くの管理・対応業務が発生する制度です。事業実行と並行してこれらを進めるには、適切な支援パートナーの存在が不可欠です。

補助金活用におけるよくある失敗と成功の分かれ道

補助金はスタートアップにとって強力な成長資源ですが、その申請・運用には正確な知識と適切な対応が求められます。実際に、補助金に採択された企業の中にも「補助金を受け取れなかった」「想定以上の手間に追われて本業に支障が出た」といった事例が少なくありません。

ここでは、補助金活用でありがちな失敗パターンと、失敗を避けるための具体的なポイントを解説します。

申請不備による不採択事例

補助金申請で最も多く見られるのが「書類不備による不採択」です。

採択率は制度によって30〜60％程度ですが、形式的な不備が原因で書類審査すら通過できないケースは後を絶ちません。

よくある不備の例は以下のとおりです。

また、事務局の提出期限を過ぎると、内容がどれだけ良くても即時却下となります。スケジュール管理と書類チェックの体制づくりが重要です。

補助対象外経費の申請によるトラブル

補助金で認められていない経費を誤って申請する事例も後を絶ちません。認識のズレが発生しやすいのは、以下のような経費です。

これらの経費を含めて申請してしまうと、最悪の場合は補助金全体が不認定となる可能性があります。さらに悪質と見なされれば返還やペナルティの対象となることもあります。

制度によって補助対象の範囲は異なるため、公募要領の精読と事前の経費精査が必要不可欠です。Metagateのような支援企業は、制度に精通した担当者が事前に仕訳リストを作成し、適切な支出計画をサポートします。

事業スケジュールの遅延による交付取消リスク

補助金制度には「事業実施期間」が明確に設定されており、その期間内に実行・報告を完了しなければ補助金が支給されません。スケジュールの甘さや予期しないトラブルが原因で、補助金を受け取れなくなるリスクがあります。

また、補助金制度は年度ごとに変更されるため、必ず最新の公式公募要領や自治体発表をご確認ください

よくある遅延の要因は以下の通りです。

特にスタートアップの場合、少人数運営であるがゆえに実務が滞りやすく、報告作業を軽視すると致命的なリスクとなります。補助金の交付が取り消されると、既に支払った経費分が完全な損失となってしまいます。

成功する企業は、初期段階からスケジュールを逆算し、余裕のある進行管理を徹底しています。

このような失敗を未然に防ぐには、補助金制度そのものの理解と、実務への落とし込みが不可欠です。単に申請するだけでなく、着金までを見据えた設計を立て、必要に応じて専門支援を活用することが、補助金活用成功への最短ルートです。

スタートアップの成長を加速させる補助金活用術とは

スタートアップの成功は「スピード」と「資金戦略」に大きく左右されます。自己資金や投資家からの出資だけでは、成長の初速を維持するのが難しいと感じている起業家も多いのではないでしょうか。そうした中で、補助金は“第三の資金源”として極めて有効です。

返済不要かつ事業支援の色が強いこの制度を、どのように活用すべきかを解説します。

資金調達戦略として補助金をどう位置づけるか

資金調達といえば、エクイティ（株式による調達）やデット（融資）が一般的ですが、補助金はこの2つと異なる特徴を持ちます。

特に創業初期においては、補助金で初期プロダクトやマーケティングを支えつつ、エクイティ資金は成長加速のタイミングに使うという設計が有効です。補助金の採択実績は投資家への信頼材料にもなり、次の資金調達にも良い影響を与えます。

専門家・支援事業者を活用するメリット

補助金申請は公募要領の読解から始まり、事業計画書の作成、経費の内訳設計、実績報告に至るまで多くの工程を含みます。事業に集中しながらこれを一人で進めるのは、想像以上に難易度が高くなります。

そこで活用すべきなのが、補助金支援に特化した外部パートナーです。具体的には以下のような支援を受けられます。

・補助金選定：自社に最適な制度の提案
・計画作成：採択されやすい構成・ストーリーの設計
・書類整備：事務局に認められるフォーマットと記載内容の最適化
・申請・報告：スケジュール管理から報告書作成まで一貫支援

まとめ

スタートアップにとって、限られた資金をどう活用するかは、成長スピードを左右する重要な経営判断です。返済不要の補助金制度は、プロダクト開発だけでなく、「売るための仕組み」を整える絶好のチャンスでもあります。

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