【2025年版】ECサイトに使える補助金とは？IT導入補助金が使えない今の最適解
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公開日 2025年06月04日　 更新日 2025年06月27日

【2025年版】ECサイトに使える補助金とは？IT導入補助金が使えない今の最適解

【2025年版】ECサイトに使える補助金とは？IT導入補助金が使えない今の最適解
「ECサイトを立ち上げたいけれど、できるだけ初期費用を抑えたい」
「以前はIT導入補助金が使えたと聞いたけど、今はどうなっているの？」

そんな疑問や不安をお持ちの方も多いのではないでしょうか。

コロナ禍を経て、オンラインでの販路拡大や業務効率化を目指す事業者は急増しました。中でもECサイトの開設は、販路拡大において欠かせない選択肢のひとつです。

しかし、2024年からIT導入補助金ではECサイト関連費用が対象外となり、「では今、どんな補助金が使えるの？」という悩みを抱えている方が少なくありません。

本記事では、2025年時点でECサイト構築に使える補助金制度を4つ厳選し、それぞれの特徴や注意点をわかりやすく解説します。

自社の補助金活用の選択肢を整理し、できるだけコストを抑えてECサイトを構築したい方は、ぜひ最後までご覧ください。

【2025年度版】IT導入補助金ではECサイト構築は対象外

制度改正の背景

IT導入補助金は、中小企業や小規模事業者の業務効率化・生産性向上を目的としたITツール導入を支援する制度です。以前はECサイト構築にも活用されていましたが、制度の見直しにより対象範囲が限定されました。

2023年までは対象 → 2024年から対象外に

年度

ECサイト構築の

補助対象可否

補足

〜2023年度

〇 対象

EC関連ツールやサイト制作費も補助対象に含まれていた

2024年度

✕ 対象外

EC関連経費は補助対象外と明記される

2025年度

✕ 対象外

公式要項では復活の兆しなし。

代替補助金の活用が推奨される

2025年以降を見据えた補助金トレンドと今後の展望

最新の公募要領や制度方針を見る限り、ECサイト構築が補助対象に復活する可能性は低く、2025年も対象外となる見込みです。

補助金の対象はあくまで「業務効率化・生産性向上を目的としたIT導入」であり、販売促進を主とするECサイト構築は制度の趣旨に合わないとされているためです。

2025年以降、国の補助金政策は「業務全体のデジタル化」「インボイス制度対応」「生成AI・データ活用の推進」といった領域にシフトしつつあります。
そのため、ECサイト単体ではなく、受発注管理や在庫管理、顧客データ分析などと一体化した形での申請がより重視される傾向にあります。

また、越境ECや定期購入型EC（サブスクリプションモデル）といった「継続性」「データ活用」「事業拡張性」の高いモデルには加点要素が付く可能性も出てきています。

今後の対策としては、

・ECを中心に据えた「業務全体のデジタル転換」構想を持つ
・売上・利益・人材などのKPIに基づく事業計画を作成する
・地方自治体の動向も定期的にウォッチする

といった戦略が求められます。

公式サイトや要項の引用（信頼性補強）

「B類型においては、ECサイト等の新設・改修に係る経費は補助対象外とする。」
（出典：IT導入補助金2024 公募要領）

こうした公式な文言があることからも、今後ECサイト構築に補助金を活用するなら、別制度の検討が不可欠です。

※なお、IT導入補助金は2025年度もECサイト新規構築費用は対象外ですが、「受発注管理」「在庫管理」「顧客管理」など、ECサイトと連携したバックエンド業務のITツール導入は補助対象となる場合があります。

業務効率化を目的としたシステム導入を検討している場合は、最新の公募要領を必ずご確認ください

代わりに使える！ECサイトに活用できる主な補助金4選

IT導入補助金でECサイト構築が対象外となった今、代替となる補助金を活用することが重要です。ここでは、ECサイト制作に利用可能な代表的な補助金4つを紹介します。

事業再構築補助金

項目

内容

補助目的

新分野展開・事業転換・業種転換などの事業再構築を支援

ECサイト関連

「システム構築費」としてECサイト構築が補助対象になる場合あり
ただし、事業再構築補助金は「新分野展開」「事業・業種転換」など、国の事業再構築指針に沿った大きな事業転換が求められます

主な要件

事業再構築指針に該当＋事業計画に基づく一定の付加価値向上など

・従業員数ごとの補助上限額／補助率

従業員数

補助上限額
（大規模賃上げ特例）

補助率

20人以下

1,500万円（2,000万円）

中小企業：1/2（2/3）中堅企業：1/3（1/2）

21～50人

3,000万円（4,000万円）

同上

51～100人

4,000万円（5,000万円）

同上

101人以上

6,000万円（7,000万円）

同上

※補助率や上限額は事業内容・賃上げ計画等によって異なります。最新の公募要領で必ずご確認ください

小規模事業者持続化補助金

項目

内容

補助目的

小規模事業者の販路開拓や生産性向上を支援

補助額

通常枠：50万円

特例枠（賃金引上げ・卒業・後継者・創業等）：最大200万円

補助率

2/3（賃金引上げ特例かつ赤字事業者は3/4）

ECサイト関連

「ウェブサイト関連費」として補助対象。
ただし、補助金総額の1/4（例：上限50万円）までという厳格な上限あり

主な要件

商工会議所と連携した事業計画の策定が必要

※ECサイト構築単独では対象外のため、他の施策と組み合わせるとよいです。 また、申請時には「販路開拓」や「業務効率化」などの全体施策の一部として位置付ける必要があります。

ものづくり補助金

項目

内容

補助目的

中小企業の生産性向上を目的とした革新的サービス・設備導入を支援

補助額

最大8,000万円（申請枠による）

補助率

中小企業：1/2
小規模事業者：2/3

ECサイト関連

「システム構築費」として対象になるケースあり
ECサイト構築が補助対象となるのは、「新商品・新サービス開発」や「業務プロセスの革新」など、事業の革新性が認められる場合に限られます。単なるECサイト制作やリニューアルだけでは対象外

主な要件

最低賃金＋30円や付加価値増加の事業計画が必要

※ECサイトを中核とした業務効率化や自動化を計画すれば対象になりうる。

※単なるECサイト制作やリニューアルだけでは対象外となるため、申請時は注意が必要です。

各地方自治体の補助金

自治体

補助制度名

補助額・率

主な対象経費

東京都中央区

ECサイト活用補助金

最大6万円

（全額補助）

ECサイト構築・初期費用

大阪府茨木市

ECサイト活用等支援補助金

最大20万円（2/3）

EC導入・ECモール出店など

秋田県美郷町

インターネット販売販路開拓支援事業

最大20万円（2/3）

ECサイト開設委託料など

※自治体の補助金は年度や地域によって内容・条件が大きく異なります。 最新情報は必ず各自治体の公式サイトや窓口でご確認ください。公募時期や対象経費、補助率が毎年変更される場合もあります。

補助金を活用してECサイトを構築する際の注意点

補助金を活用してECサイトを構築する際には、ただ「対象だから使える」というだけではなく、以下のような注意点にも十分配慮する必要があります。

 

注意点

解説

審査に通らない可能性がある

補助金は申請＝受給ではなく、審査を通過しなければなりません。

採択率は制度や申請内容により異なり、競争も激しいです。

ECサイト単体では

対象外になることも

特に「事業再構築補助金」や「持続化補助金」では、ECサイトの構築だけでなく、事業再構築や販路開拓など全体の施策として申請する必要があります。

補助金の支給は後払い

補助金は原則として事業完了後の「後払い」です。あらかじめ全額を自己負担し、実績報告後に精算される仕組みであることに注意しましょう。

ECサイト費用の上限に

制限があることも

小規模事業者持続化補助金では、ECサイトにかかる費用の上限が全体の1/4（最大50万円）に制限されており、過度な期待は禁物です。

支払い方法のルールが

厳しい

現金払い不可、領収書必須、10万円超の振込証明など、経費精算には厳格なルールがあります。ガイドラインに従って準備を行いましょう。

 

補助金の公募スケジュールや申請締切は年度ごとに異なります。必ず公式サイトや公募要領で最新情報を確認し、余裕をもって準備を進めることをお勧めします。

補助金と助成金の違いとは？

補助金と助成金はどちらも「返済不要の資金援助」という点では共通していますが、性質や条件には明確な違いがあります。ECサイト構築を検討する際にも、この違いを理解しておくことが重要です。

項目

補助金

助成金

目的

国や自治体が推進する政策課題の解決

働き方改革・雇用促進などの支援

支給条件

審査制：要件を満たし、かつ審査を通過する必要がある

要件を満たせば原則支給される（審査は形式的）

募集時期

期間限定（公募制）で実施されることが多い

通年受付または随時受付のケースが多い

競争の有無

採択枠に限りがあるため、競争が発生する

条件さえ満たせば支給されるため、競争は基本なし

代表的な例

事業再構築補助金、小規模事業者持続化補助金など

キャリアアップ助成金、両立支援助成金など

ECサイトの構築に使われるのは、主に「補助金」です。助成金は雇用関係の取り組みなどが中心となるため、混同しないよう注意しましょう。

ECサイト構築を補助金で進めたいなら今すぐ準備を

補助金は「申請すればすぐに受け取れる」というものではありません。準備不足で申請に間に合わなかったり、審査で不採択になったりするケースもあります。補助金を活用して確実にECサイトを立ち上げるためには、今すぐ行動を始めることが重要です。

各補助金の申請スケジュール

補助金ごとに公募期間や締切は異なります。
以下は、代表的な補助金の例です（2025年5月時点の参考情報）。

補助金名

直近の申請締切（例）

備考

事業再構築補助金

年2～3回の公募あり

公募回により要件が変わる可能性あり

小規模事業者持続化補助金

年3～4回公募

通常枠：第17回 申請締切 2025年6月13日

ものづくり補助金

年2回程度実施

第20次 申請締切 2025年7月25日

地方自治体の補助金

各自治体によって異なる

通年受付のケースもあり

※スケジュールは年度や公募回ごとに異なるため、必ず公式サイトで最新情報を確認してください

申請書類の準備にかかる時間

準備項目

 内容

目安の準備期間

事業計画書の作成

ECサイトの目的や期待される効果を明記

2〜4週間

小規模事業者持続化補助金

年3～4回公募

1〜2週間

ものづくり補助金

年2回程度実施

1〜2週間

地方自治体の補助金

各自治体によって異なる

最大3週間

補助金の申請には、以下のような書類や準備が必要です。 準備項目 内容 目安の準備期間 事業計画書の作成 ECサイトの目的や期待される効果を明記 2〜4週間 経費見積もり EC構築に必要な費用の内訳を算出 1〜2週間 商工会議所との連携 （※持続化補助金） 支援計画書の発行依頼 1〜2週間 電子申請用IDの取得 （GビズIDなど） 申請には事前取得が必須 最大3週間 書類作成や関係機関との連携など、実はやることが多いため、余裕をもって準備を進めることが採択の第一歩です。

補助金活用の成功事例｜地方小売店がECで売上アップした例

事例名

A県の手作り食品店「まごころ庵」

活用した補助金

小規模事業者持続化補助金

補助内容

地元特産品の紹介・販売用ECサイトの構築／SNS広告費

補助額

約50万円（補助率2/3）

成果

地元だけでなく首都圏からの注文が急増し、年商が前年比+60％に


【成功のポイント】

  • ECサイト単体ではなく、「販路開拓計画書」として戦略的に申請
  • 商工会議所と連携し、申請書類を丁寧に作成
  • 地域資源を活かしたブランディングを明確に打ち出した

このように、「単なるEC構築」ではなく事業戦略の一環として取り組むことが、補助金活用成功のカギとなります。

【まとめ】ECサイト制作に補助金を活用するなら、IT導入補助金に代わる4つをチェック！

2025年現在、IT導入補助金ではECサイトの構築費用は対象外となっており、今後も適用されない可能性が高い状況です。

そのため、ECサイトを立ち上げる際に活用できる補助金としては、以下の4つが有力な選択肢になります。

補助金名

特徴

最大補助額

補助率

事業再構築補助金

業態転換や新分野展開を支援

最大1.5億円（条件あり）

1/2～2/3など

小規模事業者持続化補助金

商工会議所の支援が必要

最大200万円

2/3～3/4

ものづくり補助金

設備投資・システム導入に強み

最大8,000万円

1/2～2/3

地方自治体の補助金

地域独自の支援制度

数万円～数十万円

全額～2/3など

 

これらの補助金は、それぞれ目的や要件が異なります。自社の規模や事業計画に合った補助金を見極め、必要書類の準備や申請スケジュールを早めに確認しておくことが成功のカギです。


ECサイト単体の構築では補助対象外になるケースが多いため、事業再構築や販路開拓、業務効率化などの全体施策の一部として申請することが重要です。

また、補助金ごとに補助額や補助率、ECサイト費用の上限、対象となる事業内容が異なるため、必ず最新の公募要領や公式サイトで詳細を確認しましょう。

 

そして、補助金の活用は、申請の成否が事業計画に大きく影響を与えるため、信頼できるパートナーに相談することが重要です。

 

補助金活用で失敗したくない方へ。

「どの補助金が最適か？」「書類の準備はどう進めるべきか？」とお悩みの方は、実績豊富な補助金支援パートナー【PULL-NET】にぜひご相談ください。

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